土木工程系具有悠久的办学历史，早在1985年开始开设农业水利工程和建筑工程技术专业。基于教育公平的理念，长期以来积极开展专业教学改革和课程教学改革，努力创设适合学生的教育，使建筑工程技术专业、道路桥梁工程专业成为内蒙古自治区和河套大学具有创新示范作用的专业，长期保持为内蒙古西部地区培养了大量的工程技术人才。

土木工程系开设农业水利工程专业具有优越的地域优势，学校位于美丽富饶的河套灌区--是亚洲最大的一首制灌区和全国三个特大型灌区之一，1988年河套灌区配套工程开始实施，配套面积达21.11万公顷，灌区内灌水有大量的水工配套建筑物和灌排实验站，为农业水利工程专业提供了良好的实习、实验、科研基地和广阔的就业渠道。