土木工程系现有土木工程综合实验室、工程软件实训室、测绘实训室、农业水利工程综合实验室、给排水工程综合实验室、水文气象实验室等8个实验实训室，下设27间分室，建筑面积3092.46m²。实验室能较好满足农业水利工程专业、给排水科学与工程专业、工程管理专业和水利水电工程专业本科课程所开出的实验项目，基本满足应用型人才培养的要求，实验项目充分体现了实用性、仿真性和综合性的特点。